Beide dranken hebben een vergelijkbare smaak en zijn het resultaat van fermentatie. Karnemelk wordt alleen van koeienmelk gemaakt en kefir kan ook van dierlijke en plantaardige melksoorten gemaakt worden. Bij karnemelk zorgen de melkzuurbacteriën voor het fermentatieproces en bij kefir worden kefirkorrels gebruikt. Deze hebben meestal een bloemkoolachtige korrelstructuur en bestaan uit een mengsels melkzuurbacteriën en gisten.
Gefermenteerd eten en drinken is goed voor de darmflora. Kefir is iets gezonder dan karnemelk omdat het meer probiotica (levende micro-organismen) en vitamine B12 en K2 bevat. Karnemelk is een traditioneel Nederlands product en kefir komt oorspronkelijk uit de Kaukasus-regio.
